2012 yılı eylül ayında Kız Anadolu İmam Hatip Lisesi bünyesinde eğitim öğretime başlayan okulumuz 3 yıl sonra 28 eylül 2015 tarihinde Kastamonu İmam Hatip Ortaokulu adı altında müstakil olarak faaliyet göstermeye başlamıştır. 2016-2017 eğitim öğretim yılı itibari ile yeni binasına taşınan okulumuz, aynı yıl içerisinde Şehit Mehmet Yılmaz İmam Hatip Ortaokulu adını almıştır.